补发的入台证有效期将与原入台证的有效期相同。但需要注意的是，在办理补发期间，持证人必须接受审查和调查，确保并证明入境的目的和资格。持证人必须在规定的停留时间内离台，否则可能会被视为非法逗留。持证人在申请入台证时应仔细阅读相关规定，并确保在入台证有效期内进入台湾，并在规定的停留时间内离开。
根据台湾入台证的规定，入台证的有效期和遗失补发的政策与在台停留时间是有区别的。
1. 入台证的有效期：台湾入台证的有效期根据签发目的和申请人的情况而有所不同。一般来说，旅游签证的有效期为3个月（自签发之日起），商务签证和就学签证的有效期可以更长，最长可达5年。所以，入台证的有效期与在台停留时间是有联系的，持证人必须在入台证有效期内进入台湾。
2. 入台证的遗失补发：如果入台证在台湾期间遗失或损坏，持证人可以向台湾当地的出入境事务机关申请补发。补发的入台证有效期将与原入台证的有效期相同。但需要注意的是，在办理补发期间，持证人必须接受审查和调查，确保并证明入境的目的和资格。
3. 在台停留时间：入台证持有人在台湾停留的时间是根据签发的入台证类型而有所不同。一般来说，旅游签证的停留时间为30天，商务签证的停留时间为30-90天，而学生签证的停留时间则会根据学习的持续时间而有所调整。持证人必须在规定的停留时间内离台，否则可能会被视为非法逗留。
综上所述，台湾入台证的有效期和遗失补发的政策与在台停留时间可能存在差异。持证人在申请入台证时应仔细阅读相关规定，并确保在入台证有效期内进入台湾，并在规定的停留时间内离开。