《显微镜下的大明》是章诒和刘慈鸿合著的历史小说，讲述了程仁清在明朝末年穿越到明朝初年，重塑了历史的故事。在小说的结局，程仁清成功击败了敌对势力，帮助皇帝朱由校正历史，恢复了历史的原貌。然而，在历史的重返过程中，程仁清也付出了巨大的代价。所以，《显微镜下的大明》中程仁清最终没有留在明朝，而是回归到自己的现代社会中，结束了他的穿越之旅。
《显微镜下的大明》是章诒和刘慈鸿合著的历史小说，讲述了程仁清在明朝末年穿越到明朝初年，重塑了历史的故事。
在小说的结局，程仁清成功击败了敌对势力，帮助皇帝朱由校正历史，恢复了历史的原貌。然而，在历史的重返过程中，程仁清也付出了巨大的代价。他的知识和智慧为他人所利用，最终他不得不选择离开这个时空，回到现实世界。
所以，《显微镜下的大明》中程仁清最终没有留在明朝，而是回归到自己的现代社会中，结束了他的穿越之旅。