在办理手续时，需缴纳相应的保证金等费用，并签署相关合同文件。以上为一般情况下的保障房申请流程，具体流程可能会因地区政策和规定的不同而有所差异。
苍南县灵溪镇保障房申请流程如下：
1. 条件符合：首先，申请人需要符合苍南县灵溪镇保障房的申请条件，通常是属于低收入家庭、没有住房、符合所在地区政府规定的家庭人口要求等。
2. 填写申请表：申请人需要前往灵溪镇政府或相关部门，填写保障房申请表。在填写表格时，需要提供个人身份证明文件、户籍证明、收入证明、家庭成员情况等相关材料。
3. 材料审核：提交申请后，镇政府或相关部门会对申请材料进行审核。审核包括对申请人的材料真实性、符合条件程度以及家庭经济状况等方面的审查。
4. 综合评定：通过材料审核后，申请人的申请将进入综合评定阶段。综合评定将考虑申请人的经济状况、家庭成员情况、住房需求等因素，综合评定结果将影响后续的配租优先级。
5. 配租公示：综合评定完成后，根据评定结果，镇政府将发布保障房的配租公示信息，公示一段时间后，公示期满没有异议的情况下，将正式确定配租名单。
6. 签约入住：配租名单确定后，申请人需前往镇政府或相关部门进行签约入住手续办理。在办理手续时，需缴纳相应的保证金等费用，并签署相关合同文件。
以上为一般情况下的保障房申请流程，具体流程可能会因地区政策和规定的不同而有所差异。建议您在申请前咨询当地灵溪镇政府相关部门，了解最新的申请流程和条件要求。